Considérée par beaucoup comme le fleuve le plus romantique du monde, la Seine est aussi malodorante, trouble et, après les fêtes, bordée de résidus. Lors d’énormes orages, jaillissent des eaux usées. Cela n’a pas toujours été le cas. Lors des premiers Jeux olympiques organisés par Paris, en 1900, sept épreuves de natation ont eu lieu dans le fleuve. Avec le développement de Paris, la Seine est devenue de plus en plus polluée par les eaux usées et les déchets industriels. Une étude dans les années 1990 a classé le tronçon traversant Paris comme ayant l’un des niveaux de métaux lourds les plus élevés au monde. Les Jeux olympiques vont changer cela grâce a un plan d’investissement de 1,4 milliard d’euros réunissant plus de deux douzaines d’organismes gouvernementaux, d’agences de l’eau et de l’assainissement, ainsi que des autorités fluviales et portuaires. L’objectif est de rendre l’eau suffisamment propre pour que les niveaux de deux bactéries – E. coli et les entérocoques intestinaux – soient inférieurs aux normes fixées par la directive européenne sur la baignade. Différentes actions ont été mises en œuvre, notamment un tunnel de 700 mètres qui se connecte à un immense réservoir de stockage souterrain en construction prés de la gare d’Austerlitz afin de retenir l’eau de pluie pendant les tempêtes, puis les réintroduire lentement dans le système d’égout après l’arrêt de la pluie. En effet, les grandes pluies submergent les égouts et font que les eaux usées se déversent directement dans la Seine. Par ailleurs, des équipes font du porte-à-porte dans six banlieues parisiennes, pour que plus de 20 000 propriétaires permettent aux ouvriers de déterrer leurs tuyaux et de les reconnecter correctement au réseau d’égout. Enfin, à l’intérieur des limites de la ville de Paris, on vise les bateaux amarrés le long des quais. Presque tous déversaient leurs eaux usées directement dans la rivière.En 2018, la ville a déclaré que tous les bateaux devaient être raccordés au système d’égouts de la ville, et l’autorité portuaire a entamé le processus coûteux d’installation de raccordements aux égouts et de pompes dans les ports qui n’en avaient pas. 

L’héritage des Jeux, a promis la maire de la ville, Anne Hidalgo, donnera aux habitants l’accès à une vingtaine de zones de baignade le long de la Seine et de son affluent en amont, la Marne.